Z parafialnej kroniki można dowiedzieć się, że Żegoty założył, i między rokiem 1333 a 1342 kościół uposażył, wójt warmiński Henryk Luter. Lokację miejscowości zatwierdził 29 czerwca 1358 r. bp Jan Stryprock. Proboszcz Żegot ks. Günter występuje w oficjalnych dokumentach datowanych na 7 maja 1375 r. Kościół poświęcono św. Janowi w oleju. Po pożarze mieszkańcy odbudowali kościół, który konsekrował
27 sierpnia 1606 r. bp Szymon Rudnicki na cześć Matki Boskiej, wszystkich Świętych i św. Jana w oleju.
Na początku XX w. ze względu na zły stan świątyni wierni postanowili wybudować nowy dom Boży. W latach 1909–1910 wzniesiono do dziś istniejący kościół, który 4 czerwca 1912 r. konsekrował bp Augustyn Bludau. W wieży kościoła wisi dzwon z 1610 r., który prawdopodobnie pochodzi ze starej świątyni. Inne dwa dzwony podczas II wojny światowej zostały zdjęte i przetopione na armaty.