Zachował się zapis w dokumentach sądowych, z 7 kwietnia 1282 roku, kiedy Pundico de Melzak, prawdopodobnie jakiś Prus pochodzący z pola Melcekuke występuje jako świadek.  Jednak po raz pierwszy miasto Melzak nazwano Civitas w 1312 roku. Wtedy to  Kapituła Warmińska powierzyła założenie miasta na prawie chełmińskim.
Warmia, w tym i Pieniężno wyróżniało się zawsze indywidualnością historyczną, wyznaniową i kulturalną. W wielkim szacunkiem wspominało się zasłużonych ludzi tej ziemi: Kopernika, Hozjusza, Kromera, Krasickiego i wielu innych. To między innymi dzięki Mikołajowi Kopernikowi Pieniężno było ważnym ośrodkiem administracyjnym Warmii.  Mikołaj Kopernik był administratorem dóbr wspólnych kapituły warmińskiej. Odwiedzał często zamek
w Pieniężnie, stąd nadawał lokacje sąsiednich wsi. Na początku lutego 1517 roku, zatwierdził prawa lokacyjne osadników w Pełtach. Jak podają źródła, pobyt Kopernika w Pieniężnie datuje się na 22-25 października 1518 roku oraz 11-12 marca 1519 roku. W tym czasie lokował w Gminie Pieniężno takie wsie jak Radziejewo, Łajsy, Łoźnik i Wopy.
W XVIII stuleciu na terenie komornictwa istniało 83 wsi. Większe było tylko komornictwo olsztyńskie i lidzbarskie. Kapituła zrezygnowała z siedziby
w Pieniężnie dopiero w 1685 roku. W Pieniężnie pozostał burgrabia, na zamku stacjonowały straże. Burgrabia nadzorujący siły zbrojne każdego roku był wybierany na posiedzeniu kapituły warmińskiej. Miasto wielokrotnie było niszczone, jednak zawsze odbudowywało się.