17 sierpnia 1969 r. papież Paweł VI mianował ks. Juliana Wojtkowskiego biskupem pomocniczym na Warmii ze stolicą tytularną Murustaga. Sakrę biskupią przyjął 22 sierpnia 1969 r. w prywatnej kaplicy prymasa Polski kard. Stefana Wyszyńskiego. Prymas Polski był jego konsekratorem, zaś współkonsekratorami biskupi Józef Drzazga i Jan Obłąk. Jako swoje zawołanie biskupie przyjął słowa „Veni Domine Jesu”.

Ks. bp Wojtkowski urodził się 31 stycznia 1927 r. w Poznaniu. Jego ojcem był profesor historii Andrzej Wojtkowski. Po wybuchu II wojny światowej, 8 listopada 1939 r., razem z rodziną został aresztowany i osadzony w obozie koncentracyjnym Lager Glowno – Posen Ost, skąd 1 grudnia 1939 r. został wywieziony do Ostrowca Świętokrzyskiego. W 1944 uzyskał małą  maturę w tajnym nauczaniu ziemi kieleckiej, a rok później zdał egzamin dojrzałości w liceum matematyczno-fizycznym w Lublinie. W latach 1945–1950 był klerykiem Lubelskiego Seminarium Duchownego dla diecezji warmińskiej. Święcenia kapłańskie przyjął 25 czerwca 1950 r. w Lublinie z rąk biskupa diecezjalnego lubelskiego Piotra Kałwy.

W tym samym roku uzyskał magisterium z teologii na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Tam też odbył studia specjalistyczne z teologii dogmatycznej, które uwieńczył doktoratem w 1953 r. W 1968 r. uzyskał habilitację w zakresie teologii dogmatycznej i historii dogmatów na Papieskim Fakultecie Teologicznym w Krakowie. W Wyższym Seminarium Duchownym „Hosianum” od 1952 r. pełnił funkcje wykładowcy i wychowawcy. W czasach powojennych nie miał możliwości publikowania swoich prac. Do 1980 r. prowadził samodzielną pracę naukową, gdyż nie mógł być zatrudniony na uczelni z prawami akademickimi.

W latach 1980–1997 kierował Warmińskim Instytutem Teologicznym, gdzie również prowadził wykłady. Przyczynił się do powstania Wydziału Teologii Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego, na którym przez rok miał etat profesora zwyczajnego w Katedrze Teologii Dogmatycznej. W 1987 r. został profesorem nadzwyczajnym Papieskiej Akademii Teologicznej, a w 1997 r. profesorem zwyczajnym. Głównymi obszarami jego badań są historia dogmatów maryjnych w Polsce średniowiecznej, glosy oraz drobne teksty polskie w inkunabułach Wielkopolski, a także historia diecezji warmińskiej.

24 lutego 2004 r. papież Jan Paweł II przyjął jego rezygnację z urzędu biskupa pomocniczego warmińskiego, złożoną ze względu na wiek.

W marcu 2003 r. otrzymał tytuł Człowieka Dobrej Woli, przyznany przez Kapitułę Wielkiego Serca w Olsztynie. W marcu 2004 r. został odznaczony przez prymasa Polski kardynała Józefa Glempa Złotym Medalem Prymasowskim „Za służbę Kościołowi i Ludowi”. W marcu 2009 r. otrzymał tytuł doctora honoris causa Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie.