Bp. Wojtkowski zanany jest jako naukowiec, spowiednik i wieloletni pielgrzym. To nie wyczerpuje jednak wszystkich jego przymiotów, które znają dobrze wierni archidiecezji warmińskiej.
17 sierpnia 1969 r. papież Paweł VI mianował ks. Juliana Wojtkowskiego biskupem pomocniczym na Warmii ze stolicą tytularną Murustaga. Sakrę biskupią przyjął 22 sierpnia 1969 r. w prywatnej kaplicy prymasa Polski kard. Stefana Wyszyńskiego. Prymas Polski był jego konsekratorem, zaś współkonsekratorami biskupi Józef Drzazga i Jan Obłąk. Jako swoje zawołanie biskupie przyjął słowa „Veni Domine Jesu”.
Ks. bp Wojtkowski urodził się 31 stycznia 1927 r. w Poznaniu. Jego ojcem był profesor historii Andrzej Wojtkowski. Po wybuchu II wojny światowej, 8 listopada 1939 r., razem z rodziną został aresztowany i osadzony w obozie koncentracyjnym Lager Glowno – Posen Ost, skąd 1 grudnia 1939 r. został wywieziony do Ostrowca Świętokrzyskiego. W 1944 uzyskał małą maturę w tajnym nauczaniu ziemi kieleckiej, a rok później zdał egzamin dojrzałości w liceum matematyczno-fizycznym w Lublinie. W latach 1945–1950 był klerykiem Lubelskiego Seminarium Duchownego dla diecezji warmińskiej. Święcenia kapłańskie przyjął 25 czerwca 1950 r. w Lublinie z rąk biskupa diecezjalnego lubelskiego Piotra Kałwy.
W tym samym roku uzyskał magisterium z teologii na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Tam też odbył studia specjalistyczne z teologii dogmatycznej, które uwieńczył doktoratem w 1953 r. W 1968 r. uzyskał habilitację w zakresie teologii dogmatycznej i historii dogmatów na Papieskim Fakultecie Teologicznym w Krakowie. W Wyższym Seminarium Duchownym „Hosianum” od 1952 r. pełnił funkcje wykładowcy i wychowawcy. W czasach powojennych nie miał możliwości publikowania swoich prac. Do 1980 r. prowadził samodzielną pracę naukową, gdyż nie mógł być zatrudniony na uczelni z prawami akademickimi.
W latach 1980–1997 kierował Warmińskim Instytutem Teologicznym, gdzie również prowadził wykłady. Przyczynił się do powstania Wydziału Teologii Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego, na którym przez rok miał etat profesora zwyczajnego w Katedrze Teologii Dogmatycznej. W 1987 r. został profesorem nadzwyczajnym Papieskiej Akademii Teologicznej, a w 1997 r. profesorem zwyczajnym. Głównymi obszarami jego badań są historia dogmatów maryjnych w Polsce średniowiecznej, glosy oraz drobne teksty polskie w inkunabułach Wielkopolski, a także historia diecezji warmińskiej.
24 lutego 2004 r. papież Jan Paweł II przyjął jego rezygnację z urzędu biskupa pomocniczego warmińskiego, złożoną ze względu na wiek.
W marcu 2003 r. otrzymał tytuł Człowieka Dobrej Woli, przyznany przez Kapitułę Wielkiego Serca w Olsztynie. W marcu 2004 r. został odznaczony przez prymasa Polski kardynała Józefa Glempa Złotym Medalem Prymasowskim „Za służbę Kościołowi i Ludowi”. W marcu 2009 r. otrzymał tytuł doctora honoris causa Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie.