Początki parafii sięgają końca XIX w., gdy katolicy w protestanckich Prusach Wschodnich stanowili mniejszość. Szczególnie w czasie Kulturkampfu katolików utożsamiano z Polakami. Nie mieli oni w Bartoszycach swojej świątyni. Od 1872 roku w jednostce wojskowej kapelan z Kętrzyna odprawiał 4 razy w roku Mszę św. dla żołnierzy, w której brali udział katolicy z miasta. Władze pruskie niechętnie godziły się na powstawanie nowych parafii katolickich, ale dzięki zaangażowaniu Kurii Biskupiej we Fromborku, a także Katolickiemu Związkowi św. Wojciecha udało się nie tylko otrzymać stosowne pozwolenia, ale również zebrać potrzebne pieniądze. Wybudowana świątynia trójnawowa w stylu neogotyckim została konsekrowana 10 września 1889 r. , a po kilku latach bp warmiński Andrzej Thiel erygował tu parafię św. Brunona.

W uroczystościach 125 lat od konsekracji świątyni wzięli udział nie tylko wierni, ale również liczne grono kapłanów, na czele z metropolitą warmińskim abp. Wojciechem Ziembą oraz bp. elbląskim Józefem Wysockim, który w Bartoszycach pracował jako wikariusz.

W homilii abp Wojciech Ziemba zwracał uwagę na aktualność problemów poruszanych przed wiekami przez św. Brunona. Zaznaczył, że św. Brunon swoją misję opierał na 3 działaniach – nauce wiary, chrzcie oraz nauce moralności, które to dopiero wszystkie te etapy połączone dają pełnię chrześcijaństwa. - Można znać wszystkie prawdy wiary, wiedzieć, co jest napisane w Ewangelii, ale nie zwracać na to uwagi. Można być ochrzczonym, a żyć tak, jakby Boga nie było. To moralność jest sprawdzianem naszej wiary. Chrześcijanin niczego nie wyrzuca z Ewangelii, nie udaje, że czegoś nie ma – mówił abp Ziemba.

Eucharystia zakończyła się procesją z Najświętszym Sakramentem wokół kościoła oraz odmówieniem nowenny do św. Brunona.