Pierwsza edycja Braniewskiej Jesieni Organowej odbyła się w 2018 r. Było to możliwe dzięki temu, że po siedemdziesięciu latach w świątyni zainstalowano nowe organy. Sięgając do historii tego miejsca, warto przypomnieć, że kościół został zniszczony przez Niemców pod koniec II wojny światowej. Wnętrze świątyni zostało spalone, wysadzono wieżę, która spadła na bryłę główną, zawalając sklepienia. Przez dziesięciolecia komuniści kontynuowali proces niszczenia świątyni. Pod koniec lat 70. XX w. pod ruiny podłożono materiały wybuchowe, by sterczące kikuty murów zupełnie zniknęły z centrum Braniewa. Dzięki staraniom diecezji warmińskiej i ówczesnego prymasa Polski kard. Stefana Wyszyńskiego komuniści nie wysadzili ruin, a w 1979 r. pozwolili na odbudowanie bazyliki. Przez wiele lat od momentu rozpoczęcia prac remontowych w świątyni nie było organów piszczałkowych. W 2015 r. sprowadzono je z Niemiec, w 2016 r. rozpoczął się montaż, a następnie rozbudowa instrumentu. Wówczas zrodziła się inicjatywa, by zainaugurować w Braniewie koncerty.