Parafia została wyodrębniona ze wspólnoty Bogurodzicy Dziewicy Matki Kościoła na Jarotach, a jej samodzielnym proboszczem 1 stycznia 2011 r. został ks. Artur Klepacki. Pierwszym ważnym momentem w życiu wspólnoty było uroczyste przeniesienie krzyża z parafii matki na plac, gdzie w przyszłości powstanie świątynia. Krzyż, który stanął 2 kwietnia 2011 r. na placu budowy na olsztyńskim os. Generałów, to początek wznoszenia nie tylko kościoła parafialnego pw. św. Mateusza, ale również sanktuarium bł. Jana Pawła II archidiecezji warmińskiej jako wotum wdzięczności za Papieża Polaka. W parafii znajdują się relikwie błogosławionego – jego krew. Pół roku później, 1 października, parafianie przeżywali kolejną uroczystość – poświęcenie tymczasowej kaplicy. – Przez ten czas mieliśmy kościół pod chmurką. Ponad 200 osób zbierało się przy krzyżu na nabożeństwa majowe. Mówiłem wtedy, że kościół już mamy, bo to my, ale trzeba mu teraz dach nad głową wybudować – podkreśla ks. Klepacki.