Powstanie sanktuarium w Stoczku Klasztornym związane jest z sytuacją polityczną Polski w XVII w. gdy kraj był nękany wojnami z Rosją, Turcją i Szwecją. Północne krańce Polski, w tym również diecezja warmińska, ucierpiały dotkliwie od Szwedów. W 1629 r. zawarto rozejm sześcioletni w Starym Targu, a działania wojenne zawieszono. Jednak nadal wiele miast wraz z Fromborkiem znajdowało się pod okupacją szwedzką. W tych okolicznościach podjęto decyzje o budowie Świątyni Pokoju.

Dzięki Opatrzności

Kolejny traktat pokojowy, zawarty 12 września 1635 r. ze Szwecją w Sztumskiej Wsi, dający 26-letni rozejm, na podstawie którego Polska odzyskała ziemie Pomorza i w Prusach bez działań wojennych, biskup uznał za łaskę Opatrzności Bożej. Rządca diecezji warmińskiej na budowę kościoła wybrał Stoczek, a opiekę nad sanktuarium powierzył zakonowi ojców bernardynów.