Kościół w Szkotowie wybudowano w latach 1874–1875. Do czasów II wojny światowej służył ewangelikom, następnie został oddany katolikom. Pierwszym duszpasterzem parafii był ks. Stanisław Janusz, który dojeżdżał z Łyny. Później opiekę nad wiernymi sprawowali księża z Nidzicy. Dopiero 5 kwietnia 1962 r. bp Tomasz Wilczyński kanonicznie erygował parafię, a jej proboszczem został ks. Jan Rodziewicz.