UWM powstał 1 września 1999 r. z połączenia trzech istniejących w Olsztynie szkół wyższych: Akademii Rolniczo-Technicznej, Wyższej Szkoły Pedagogicznej oraz Warmińskiego Instytutu Teologicznego. UWM łączy więc tradycję 50-letniej ART, 30-letniej WSP oraz ponad 450 lat kształcenia teologicznego na Warmii. W pierwszym roku działalności uczelnia kształciła 24,5 tys. studentów na 12 wydziałach i 32 kierunkach.