Starania o budowę kościoła w Słupach, wówczas jeszcze należących do parafii Kieźliny, rozpoczęły się w latach 70. ubiegłego wieku. Budowę rozpoczął w 1994 roku ks. Ludwik Nadolski. W maju 1995 roku bp Julian Wojtkowski poświęcił i wmurował kamień węgielny, a 29 listopada 1998 roku dekretem abp. Edmunda Piszcza została erygowana parafia pw. Najświętszej Maryi Panny Nieustającej Pomocy w Słupach. 
W Niedzielę Miłosierdzia Bożego świątynia przeżyła swój chrzest – poprzez konsekrację została na zawsze poświęcona Bogu. Abp Wojciech Ziemba przypomniał w homilii, że kościół buduje się dla ołtarza i tabernakulum. – To On jest tutaj gospodarzem, Bóg. Jeżeli ołtarza nie ma, świątynia, choćby najpiękniejsza, przestaje być świątynią, a jest co najwyżej obiektem muzealnym – mówił metropolita warmiński.


Po modlitwie konsekracyjnej i pokropieniu wodą święconą abp Ziemba wraz z kapłanami namaścił ołtarz i ściany kościoła krzyżmem świętym i okadził. Następnie ołtarz został przystrojony, a w całej świątyni zapaliły się światła. – Kościół jest miejscem, gdzie słowo Boże ma być głoszone, słyszane i zrozumiane. Ambona dlatego jest blisko ołtarza, aby wskazać, że są to dwa miejsca obecności Zbawiciela. Chrystus obecny w Słowie i Chrystus obecny w Eucharystii – one stanowią istotę Kościoła – powiedział abp Ziemba. Po Mszy św. wierni mieli okazję ucałować konsekrowany ołtarz.