Historia Instytutu Północnego wiążą się z Ośrodkiem Badań Naukowych im. Wojciecha Kętrzyńskiego w Olsztynie, który na naukowej mapie Polski pojawił się w 1963 roku. 60-lecie powołania było okazją do zorganizowania konferencji „Wojciech Kętrzyński – nasz patron”, która zainaugurowała obchody jubileuszowe. W ten sposób placówka chciała przybliżyć postać patrona, którego działalność wpisuje się w odzyskanie przez Polskę niepodległości po okresie zaborów.