Parafia św. Faustyny Kowalskiej w Ostródzie została erygowana 1 lipca 1993 r. – powstała z części parafii św. Dominika Savio. Do nowej wspólnoty zostało włączone osiedle Plebiscytowe oraz miejscowości: Międzylesie, Warlity Wielkie, Mała Ruś i Zwierzewo. W kolejnym roku do parafii przyłączono również Lubajny (które od 2005 r. są samodzielną parafią). Pierwszym proboszczem został mianowany ks. prał. Władysław Szmul, który swoją posługę pełni do dziś. Otrzymał on również misję wybudowania kościołów w Ostródzie oraz w Lubajnach. Budowa świątyni została ukończona w 2000 r., a poświęcenie kościoła miało miejsce w 2018 r.