W prywatnej kaplicy kard. Stefana Wyszyńskiego w Warszawie 22 sierpnia 1969 r. ks. Julian Wojtkowski otrzymał święcenia biskupie. Konsekratorami byli prymas Polski Stefan Wyszyński oraz biskupi warmińscy Józef Drzazga i Jan Obłąk. Jako zawołanie biskupie obrał słowa: "Veni Domine Jesu" (Przyjdź, Panie Jezu).
Biskup Julian Wojtkowski urodził się 31 stycznia 1927 r. w Poznaniu, gdzie w 1939 r. ukończył szkołę powszechną. Po wybuchu wojny został z rodzicami i rodzeństwem aresztowany i osadzony w Lager Glowno - Posen Ost, a stąd wywieziony pierwszym transportem do Ostrowca Świętokrzyskiego. Małą maturę zdobył w tajnym nauczaniu ziemi kieleckiej 1944 r., świadectwo dojrzałości liceum matematyczno-fizycznego w Lublinie w 1945 r.
W latach 1945-1950 studiował w Lubelskim Seminarium Duchownym dla diecezji warmińskiej. Święcenia kapłańskie i magisterium teologii otrzymał w 1950 r. Trzy lata później, po studiach teologii dogmatycznej na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, uzyskał doktorat. Od 1952 do 2005 r. wykładał w Warmińskim Seminarium Duchownym, Warmińskim Instytucie Teologicznym i na Wydziale Teologii Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie. Habilitował się na Papieskim Fakultecie Teologicznym w Krakowie w 1968 r.
Święcenia biskupie otrzymał w 1969 r. Profesorem nadzwyczajnym Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie został mianowany w 1987 r., profesorem zwyczajnym w 1997 r. Główne dziedziny badań: historia dogmatów maryjnych w Polsce średniowiecznej, drobne teksty polskie w inkunabułach Wielkopolski, historia diecezji warmińskiej. Wypromował 60 magistrów, 23 licencjatów i 13 doktorów teologii.