Pogrzeb księdza biskupa Juliana Wojtkowskiego odbył się w Konkatedrze św. Jakuba w Olsztynie. Mszy św. przewodniczył metropolita gdański abp Tadeusz Wojda, przewodniczący Konferencji Episkopatu Polski. Po przemówieniach odbył się pochówek Zmarłego. Jego ciało spoczęło w Konkatedrze św. Jakuba w Olsztynie, we wschodniej nawie świątyni obok bp. Jana Władysława Obłąka.