Jan Chrzciciel Jordan urodził się 16 czerwca 1848 r. w Gurtweil, wiosce położonej w południowo-zachodniej Badenii, niedaleko granicy ze Szwajcarią. Wychowywał się w ubogiej rodzinie i już jako dziecko uświadomił sobie swoje powołanie. Po ukończeniu szkoły podstawowej podróżował po terenie ówczesnych Niemiec, pracując jako robotnik czy malarz. Odwiedzając różne miejsca, zauważył trudną sytuację duchową swojej ojczyzny, a także innych krajów Europy.